Le film commence par l'habituel récit de l'histoire de Fiona. C'est alors que l'on découvre le principal antagoniste de cet épisode :
Tracassin, gnome spécialisé dans les transactions magiques, avait pour ambition de régner en maître sur le royaume de Fort Fort Lointain. Le roi Harold et la reine Liliane, désespérés de ne pas pouvoir retrouver leur fille, avaient pris la décision de « court-circuiter » la
Marraine-Fée et d'avoir recours à la magie de Tracassin. Après un instant d'hésitation et, poussé par sa femme et Tracassin, Harold s'apprête à signer le contrat, lorsqu'un
héraut annonce que la princesse Fiona a été libérée, rendant inutile au royal couple le recours aux pouvoirs du nain. Cela rendit le nain Tracassin très furieux, si bien qu'il passa de nombreuses années à obtenir sa vengeance sur Shrek.
On en revient ensuite à la vie douce et paisible que mènent Shrek, Fiona, Fergus, Furckle et Félicia dans leur marais. Mais Shrek commence à se lasser de l'éducation de ses enfants, des envahissements de l'Âne et du Chat Potté, mais, pire encore, du voyeurisme des touristes, qui ne le craignent plus. Suite à une accumulation de bévues des divers amis de la famille ogre, Shrek finit par laisser éclater sa colère et ruine la fête d'anniversaire de ses enfants en poussant un hurlement d'enfer. Il sort alors de la fête et, enragé, il souhaite redevenir un ogre effrayant, comme au bon vieux temps.
Tracassin ayant assisté à la scène de ménage entre Shrek et Fiona, il décide de se lier provisoirement d'amitié avec l'ogre, afin de l'inciter à signer un contrat, qui, en échange d'un jour dont il ne se souvient plus, lui permettra d'obtenir un jour du bon vieux temps où il pourra se défouler. Mis en confiance et après avoir laissé à Tracassin le soin de choisir un jour dans l'enfance de Shrek, l'ogre signe.
C'est ainsi que le rêve de l'ogre se réalise : la magie de Tracassin l'expédie dans un
univers parallèle où le nain est maître à bord et Shrek retrouve une époque où les gens sont terrorisés par les ogres. Cependant, c'est aussi une époque où Tracassin est le roi de Fort Fort Lointain et où les ogres sont chassés par les sorcières devenues les femmes de mains de ce dernier.
Alors qu'il retrouvait son marais où sa maison n'a jamais existé, il se fait capturer par des sorcières et amener au roi dans une calèche tirée par l'Âne. Confronté au nain, Shrek se rend enfin compte qu'il a été arnaqué par Tracassin. Lui ayant donné le jour de sa naissance, Shrek n'a pu libérer Fiona et donc, par voie de fait, accomplir tous les exploits qui ont suivi leur rencontre. Par conséquent, Harold et Liliane ont signé le contrat, qui faisait disparaitre leurs problèmes, les effaçant eux-aussi par la même occasion. Fiona, l'Âne et le Chat potté ne le reconnaissent donc plus, ses enfants n'ont jamais existé et, à la fin de cette journée, Shrek s'effacera, puisqu'il n'a jamais vu le jour : seule la magie du contrat le liant à Tracassin le maintient encore en vie.
Après être parvenu à s'échapper avec l'Âne, il tente de le convaincre de le suivre. Ce n'est qu'en lui expliquant avoir signé un pacte avec Tracassin que l'Âne montre à Shrek qu'en faisant un peu d'
origami avec le contrat, il obtient la solution à son problème : en embrassant son véritable amour, il peut briser le contrat et retrouver sa vie passée. Mais Fiona est devenue une guerrière redoutable, chef d'une bande d'ogres qui tentent de renverser Tracassin et ses sorcières pour la liberté de leur race. Tracassin envoya un joueur de flûte pour conduire tous les ogres à son palais. Mais l'Âne et le chat Potté parviennent à sauver Shrek discrètement. Tracassin est encore plus furieux car Shrek manque à l'appel. Il envoie alors tous les habitants à sa recherche. Shrek finit par se constituer prisonnier en échange de la libération des autres ogres. Fiona a enfin vu à quel point Shrek l'aimait. Mais Tracassin lâche la dragonne sur eux. L'Âne et le chat Potté viennent les secourir en compagnie des autres ogres. Ils finissent par attraper avec difficulté Tracassin. Shrek embrasse Fiona et tout disparaît autour de Tracassin tandis que Shrek retrouve sa vie normale.
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